BANCOS
Cohorte de Imágenes de Pólipos Colorrectales (PIBAdb)
La Cohorte PIBAdb (Polyp Image BAnk database) es una cohorte abierta de vídeos e imágenes de pólipos colorrectales clasificados morfológicamente y con estudio histológico, que ha sido desarrollada como parte del proyecto «PolyDeep».
PolyDeep
Sistema Inteligente de Detección y Clasificación en Tiempo Real de Lesiones Colorrectales mediante Deep Learning” (DPI2017-87494-R, Programa Estatal de Investigación, Desarrollo e Innovación Orientada a los Retos de la Sociedad, del Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades). Este proyecto surgió como una colaboración entre dos grupos del IIS Galicia Sur: el grupo SING (Sistemas Informáticos de Nueva Generación), de la Universidad de Vigo, y el grupo GIODO (Grupo de Investigación en Oncología Digestiva). Los participantes en este proyecto conforman el Consorcio PolyDeep.
En la actualidad, la Cohorte PIBAdb continúa creciendo bajo el amparo del proyecto “Validación clínica y plan de acceso al mercado de un sistema CAD basado en Deep Learning para la detección y clasificación de lesiones colorrectales en tiempo real (PolyDeepAdvance)” (PDC2021-121644-I00, Proyectos I+D+i Prueba de Concepto, del Ministerio de Ciencia e Innovación).
La Cohorte PIBAdb incluye vídeos de mucosa colónica normal y de pólipos colorrectales, tanto con luz blanca como con cromoendoscopia virtual (Narrow Band Imaging, NBI), complementados con el correspondiente informe histológico definitivo de cada pólipo.
Los vídeos e imágenes en PIBAdb cuentan con anotaciones realizadas manualmente por expertos clínicos participantes en el proyecto PolyDeep, incluyendo información relevante como el instante de tiempo en el que aparece un pólipo en un vídeo o su ubicación exacta en una imagen.
Adicionalmente, en casos adecuadamente motivados, es posible solicitar la base de datos completa de la Cohorte PIBAdb, que incluye vídeos e imágenes junto con toda la información recopilada durante el proyecto.
La información contenida en PIBAdb puede ser cedida de forma parcial o íntegra, tanto para el entrenamiento en la visualización de imágenes endoscópicas por parte de endoscopistas, como para el entrenamiento de sistemas de aprendizaje automático, así como para otros fines, siempre que estén debidamente justificados.
La cohorte PIBAdb cuenta con Comité Asesor para el diseño y supervisión de los procedimientos de funcionamiento de la cohorte y la evaluación de proyectos de investigación que requieran la utilización de datos y muestras de la cohorte.
La solicitud de datos de la cohorte se realiza mediante un formulario específico que se enviará a través del correo: investigación.pibadb@iisgaliciasur.es. Una vez recibida la solicitud, se le asignará un código de registro y se iniciará la evaluación científico-técnica por parte del Comité Asesor PIBAdb. El informe será remitido al Biobanco IISGS que iniciará el procedimiento habitual de cesiones con la gestión de la solicitud y la firma del acuerdo de cesión de datos entre los investigadores, la coordinación de la cohorte y el biobanco. En el documento de cesión, se informará a los investigadores sobre la política de autorías de PIBAdb.
Estructura de la Cohorte PIBAdb
- PIBAdb Automatically Selected WL: imágenes de pólipos con luz blanca extraídas de forma automática (1 imágenes por segundo). [~13.400 imágenes, 5,5Gb]
- PIBAdb Automatically Selected NBI: imágenes de pólipos con luz NBI extraídas de forma automática (1 imágenes por segundo). [~3.200 imágenes, 1,6Gb]
- PIBAdb Manually Selected WL: imágenes de pólipos con luz blanca seleccionadas manualmente por expertos endoscopistas. [~8.000 imágenes, 2,6Gb]
- PIBAdb Manually Selected NBI: imágenes de pólipos con luz NBI seleccionadas manualmente por expertos endoscopistas. [~4.000 imágenes, 1,6Gb]
- PIBAdb Manually Selected for Classification WL: imágenes de pólipos con luz blanca seleccionadas manualmente por expertos endoscopistas en segmentos de vídeo fijos en pólipo. [~1.200 imágenes, 0,4Gb]
- PIBAdb Manually Selected for Classification NBI: imágenes de pólipos con luz NBI seleccionadas manualmente por expertos endoscopistas en segmentos de vídeo fijos en pólipo. [~1.600 imágenes, 0,65Gb]
- PIBAdb Not Polyp: imágenes sin pólipo extraídas de forma automática (1 imágenes por segundo). Estas imágenes pueden contener artefactos (p.ej. instrumental, información en pantalla, etc.), ser borrosas o muy próximas a mucosa. [~14.000 imágenes, 3,8Gb]
- PIBAdb Normal Mucosa: imágenes de mucosa sin pólipo extraídas de forma automática (1 imágenes por segundo). En estas imágenes hay una buena visibilidad de la mucosa, aunque puede aparecer suciedad, burbujas, sangre u otro tipo de artefactos sobre ella. [~2.800 imágenes, 0,8Gb]
- PIBAdb Clean Mucosa: imágenes de mucosa limpia sin pólipo extraídas de forma automática (1 imágenes por segundo). En estas imágenes hay una buena visibilidad de la mucosa y esta se encuentra limpia y libre de artefactos. [~500 imágenes, 0,15Gb]
Documentación y formularios
Política de autorías PIBAdb
Formulario de solicitud de datos
Email para envío de solicitudes
Estructura organizativa de la Cohorte PIBAdb
Comité Asesor
Daniel González Peña, Miguel Reboiro Jato, Florentino Fernández Riverola, Joaquín Cubiella.
Miembros del Consorcio de Investigación PolyDeep
Daniel González Peña, Miguel Reboiro Jato, Florentino Fernández Riverola, Rubén Domínguez Carbajales, Alba Nogueira Rodríguez, Hugo López Fernández, Fernando Campos Tato, Eloy Sánchez, Jesús Miguel Herrero, Laura Rivas Moral, Manuel Puga, David Remedios, Águeda Iglesias, Laura Codesido, Joaquín Cubiella
