Core Lab

La Unidad de Genómica del IIS Galicia Sur da soporte técnico y asesoramiento en la puesta a punto y desarrollo de metodologías relacionadas con análisis genómicos y estudios de expresión génica. Las instalaciones de esta Unidad incluyen zonas independientes para extracción de ADN; de ARN; pre-PCR y post-PCR, cumpliendo las normas de calidad de este tipo de unidades.

En los últimos años, sus capacidades se han visto reforzadas con la adquisición de una PCR digital automatizada (además de una ultracentrífuga y un bioanalizador) gracias a la subvención de la Agencia Estatal de Investigación (AEI) en la convocatoria para la adquisición de equipos científicos y tecnológicos de 2018, y la adquisición en 2022 con fondos propios de un secuenciador MiSeq.

Equipamiento

• Secuenciador MiSeq (Illumina).
• QX200 DROPLET DIGITAL PCR (BioRad).
• Sistema de PCR a tiempo real CFX Connect (BioRad).
• Sistema de PCR a tiempo real 7300 Real Time PCR System (Applied Biosystems).
• Extracto de ácidos nucleicos automatizado QIACube (Qiagen).
• Bioanalizador 2100 (Agilent).
• Fluorímetro Qubit 4 (Life Technologies).
• Espectrofotómetro Biodrop µLite.
• Procesador de imagen ChemiDoc XRS (BioRad).
• Sequencher 5.4.6 Genetic Analyzer (Gene Codes).
• Equipamiento básico de Biología Molecular (termocicladores; cabinas UV pre y post PCR; microcentrífugas; centrífugas; sistemas de electroforesis horizontal; transiluminador UV…).

Servicios Destacados

Secuenciación Masiva – MiSeq

El sistema MiSeq es un secuenciador de nueva generación que utiliza la tecnología de secuenciación por síntesis y es capaz de generar secuencias de hasta 15 gigabases por carrera, lo que facilita el análisis de muestras de ADN de diferentes tamaños y complejidades, desde proyectos pequeños hasta genomas completos de microorganismos.

Aplicaciones del MiSeq:

• Identificación de variaciones somáticas y/o germinales implicadas en distintas patologías por secuenciación de paneles específicos.
• Análisis transcriptómico mediante la secuenciación de ARN para la identificación y determinación de los niveles de expresión génica en células o tejidos.
• Estudio de genomas de microorganismos (p.ej. SARS-CoV-2, VIH…).
• Análisis de metilación para la identificación de cambios en los patrones de activación de expresión génica que puedan estar relacionados con enfermedades y otros procesos biológicos.
• Identificación de microorganismos en muestras biológicas complejas mediante la secuenciación del gen 16S rARN.
• Estudios de célula única en colaboración con la Unidad de Citometría de flujo, que mediante la tecnología Cell Sorter permite la identificación de diferencias moleculares entre células individuales en una población.

Operación financiada por el Instituto de Salud Carlos III (ISCIII), con cargo a los fondo NextGenerationEU, que financian las actuaciones del Mecanismo para la Recuperación y la Resilencia (MRR) de la Unión Europea, para la adquisición de equipamiento científico-técnico dentro del Subprograma Estatal de Infraestructuras de la Acción Estratégica en Salud 2021-2023 (Código IFEQ22/00078)

Análisis por droplet digital PCR – ddPCR

La droplet digital PCR (ddPCR) combina la tecnología de partición de la mezcla de PCR en gotas de emulsión agua-aceite con la microfluídica. Esto permite medir cantidades absolutas sin necesidad de hacer referencia a patrones.

Aplicaciones de la ddPCR:

• Cuantificación absoluta (Carga viral, biomarcadores, quimerismo…).
• Detección de eventos raros (virus, biopsia líquida, mutaciones somáticas…).
• Expresión génica (miRNA y lncRNA, metilación, Single Cell…).
• Variación del número de copias (CNVs).
• Edición genómica (HDR /NHEJ, Reordenamientos del ADN).
• Validación de resultados NGS, calidad y cuantificación de librerías.

Otros servicios

• Obtención y QC de ácidos nucleicos de distintas muestras biológicas.
• PCR Convencional y cuantitativa.
• Secuenciación Sanger.
• Desarrollo de protocolos de estudio genético y expresión génica.
• Asesoramiento y apoyo en la interpretación de resultados.
• Formación de personal investigador y clínico mediante cursos teóricos y prácticos sobre genómica y biología molecular.

Esta unidad está diseñada para el estudio, detección e identificación de estructuras celulares en cortes de tejido y cultivos celulares mediante tinciones histológicas e histoquímicas y el empleo de marcadores fluorescentes. Además, está implementada por la Microdisección Láser Leica 6500, que es una tecnología microscópica que permite aislar pequeños grupos celulares o incluso células únicas de un tejido heterogéneo o de cultivos celulares, para el análisis de ADN, ARN o proteínas de la muestra homogénea obtenida.

Asimismo, dispone de un microscopio confocal de alta resolución, Leica Stellaris 8 que ofrece un sistema central con Láser blanco (WLL 440-730 espectro) y que permite hacer sistema de adquisición de fluorescencia en tiempo de vida (Flourescence Lifetime Imaging – FLIM) con tecnología TauSense que nos da acceso inmediato a información funcional del estado metabólico, pH, concentraciones de iones etc, elimina fluorescencias no deseadas, y mide el tiempo de vida de los fluorocromos pudiendo hacer separación de espectros solapantes, además está implementado con una herramienta que nos permite la detección y cuantificación directa de interacciones moleculares por medio de FLIM Y FRET, destacar que está equipado con una cámara de incubación para poder hacer proyectos In-Vivo de las células.

Por otro lado, dispone de los programas informáticos necesarios para el análisis de las imágenes.

Equipamiento

• Procesador de tejidos, estación de inclusión (EG 1500H) microtomo (Leica CM 3050) y criostato (Leica CM 3050)
• Estereomicroscopio (M125. Leica).
• Microscopio de campo claro (DRMBE y DM2000. Leica).
• Microscopio de fluorescencia (DMI6000. Leica).
• Microdisector láser (MLD6500. Leica).
• Microscopio Confocal de superresolución (STELLARIS 8 Confocal. Leica)

Servicios

• Corte de secciones histológicas de tejidos en parafina y secciones congeladas.
• Microscopía de campo claro de fotodocumentación.
• Microscopía de fluorescencia con fotodocumentación.
• Microdisección láser con muestras en campo claro o con fluorescencia.
• Elaboración de protocolos para procesado de muestras para microscopía (fijación, congelación, tinción, inmunomarcaje…).
• Asesoramiento técnico para planificación de proyectos de investigación que requieran el uso del microdisector láser.

La Plataforma de Biomarcadores del IIS Galicia Sur tiene como objetivo principal promover y facilitar el desarrollo de proyectos relacionados con la identificación de biomarcadores de interés en biomedicina. Dada la multidisciplinariedad en el abordaje de este tipo de estudios, es clave una coordinación conjunta de las distintas infraestructuras científico-tecnológicas incluidas en las unidades de apoyo a la investigación del IIS Galicia Sur con capacidad para la identificación de biomarcadores esenciales para el desarrollo de nuevas terapias y tratamientos personalizados.

Equipos destacados

• Analizador Luminex 200 System (Thermo Fisher)
• Secuenciador MiSeq (Illumina)
• Citómetro Cell Sorter CytoFLEX SRT (Beckman Coulter)
• Microscopio confocal Stellaris 8 (Leica)

Aplicaciones principales

• Cuantificación de biomarcadores de interés en distintas patologías como: citocinas proinflamatorias, marcadores tumorales y factores de crecimiento, entre otros.
• Evaluación de la expresión génica (RNA-seq), análisis de biomarcadores genómicos e identificación de firmas genéticas de interés.
• Detección de biomarcadores en ADN circulante.
• Estudio del microbioma e identificación de firmas microbianas asociadas con diferentes enfermedades.
• Investigación de biomarcadores para el desarrollo de nuevas terapias y tratamientos personalizados.
• Estudio de interacción fármaco receptor, eficacia dosis respuesta, biodisponibilidad y citotoxicidad.
• Detección de biomarcadores en subpoblaciones celulares.
• Obtención de imágenes de alta resolución de la localización, co-localización y distribución de biomarcadores dentro de células y tejidos.
• Aplicación de técnicas avanzadas de imaging in vivo (ej. FRET, FLIM) para cuantificación de mensajeros secundarios en diferentes compartimentos celulares, estudios de interacción de proteínas y dinámicas de movimientos de proteínas en la célula.